La UC3M se organiza a través de una estructura de gobierno flexible y participativa, diseñada para fomentar la excelencia académica, la investigación y la innovación. El órgano ejecutivo principal es el Rectorado y el responsable de las decisiones estratégicas, el Consejo de Gobierno. La Universidad cuenta con varios Centros que agrupan las diferentes áreas de conocimiento para grado y posgrado.
Especializados en disciplinas concretas, los Departamentos son los pilares de la docencia y la investigación, se encargan de coordinar los programas académicos, las investigaciones científicas y las actividades de formación, con un enfoque transversal e innovador. Los servicios universitarios garantizan el correcto funcionamiento de la vida universitaria y la enriquecen con su amplio catálogo de actividades.
