La Facultad de Ciencias Sociales y Jurídicas, la Escuela Politécnica Superior y la Facultad de Humanidades, Comunicación y Documentación y la Facultad de Ciencias de la Salud son los centros encargados de la organización, dirección y supervisión de las enseñanzas y de los procesos académicos, administrativos y de gestión conducentes a la obtención de títulos de Grado.
Las facultades realizan sus actividades en el campus de Getafe y Colmenarejo y la Escuela Politécnica Superior en los campus de Leganés y Colmenarejo.
Para la formación de postgrado se ha puesto en marcha el centro de postgrado y la escuela de doctorado.
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La UC3M dispone de cinco centros docentes desde los que organiza su actividad académica.